He estado haciendo pruebas y he acabado por deducir, lo siguiente:

Después de configurar todos los parámetros gráficos para intentar aprovechar la frecuencia de mi monitor (144MHZ), al tener activada la superposición en el juego del cliente de Uplay, los FPS nunca me superan los 60FPS. De alguna manera me limitan la frecuencia de refresco.

Si desactivo esta opción y mido los FPS por ejemplo con FRAPS (que apenas consume recursos) entonces los FPS se me disparan y lo noto en la fluidez de movimiento.

Mi pregunta es: hay alguna manera de poder disfrutar de las ventajas de tener Uplay corriendo en segundo plano, sin que me limite la frecuencia de refresco pantalla?

Decir por último, que esto me pasa también por ejemplo con la superposición dentro del juego que tiene Nvidia (Geforce Experience)...

En definitiva, el mayor rendimiento lo obtengo desactivando estos programas que te capturan pantallas o videos durante el juego, o que solo sirven para ver quien anda conectado y poco más.